著作：

[1]马君潞、马晓军、翟金林. 风险投资与风险资本市场. 南开大学出版社. 2003年3月.

[2]马晓军. 证券设计理论及融资工具创新问题研究. 中国财政经济出版社. 2006年10月.

[3]李勇编著. 关于我国不良资产证券化的初步探讨. 中国财政经济出版社，2005年1月出版. 本人为责任主编.

[4]赵智文、马晓军，投资银行学，科学出版社，2008年3月出版。

[5]马晓军. 投资银行学：理论与案例（第一版）. 机械工业出版社. 2010年10月.

[6]马晓军. 投资银行学：理论与案例（第二版）. 机械工业出版社，2014年9月.

[7]马晓军等译. 投资学. [美]查尔斯•琼斯著. 机械工业出版社. 2016年4月.

[8]马晓军、黄嵩等译.投资银行、对冲基金和私募股权投资(原书第3版).[美]戴维·斯托厄尔（David P. Stowell）.机械工业出版社.2019年04月.

[9]参编.中国银行间市场交易商协会教材编写组.投资银行：理论与实务（上下册）.2019年度银行间市场从业人员能力建设水平测试参考教材.北京大学出版社.2019年09月.

[10]马晓军.投资银行学:理论与案例（第3版）.机械工业出版社.2020年08月.

论文：

[1]马晓军. 开放经济下外汇占款管理的探讨. 南开经济研究，2000年第6期.

[2]马晓军. 信用衍生产品市场的发展及其展望. 国际金融研究，2000年第11期.

[3]马晓军. 我国企业债券市场的制约因素及对策探讨. 南开经济研究，2003年第3期.

[4]马晓军，沈勍晔. 私人利益、代理关系和公司并购. 南开经济研究，2004年第3期.

[5]马晓军. 我国现阶段发展优先股融资的构想. 中国经济评论，2004年第7期.

[6]马晓军. 我国不良资产证券化的发展潜力. 经济论坛，2005年第2期.

[7]马晓军. 少数股权控股的非效率性及再融资方式选择. 天津财经大学学报，2005年第3期.

[8]马晓军. 证券市场应该引入优先股. 人民日报海外版，2006年11月2日.

[9]马晓军. 银行跨区经营的路径选择. 人民日报海外版，2007年1月29日.

[10]马晓军，欧阳姝. 中美两国商业银行特许权价值及影响因素的比较研究. 金融研究，2007年第4期.

[11] 马晓军，李婧铱. 优先股扶持科技型中小企业的模式探索. 中小企业管理与科技. 2009年第8期.

[12]马晓军. 通缩现象和宏观经济理论的困境. 金融市场研究. 2016年第12期.

[13]杨冬冬,马晓军.应收款项类投资对我国商业银行盈利能力和风险的影响研究[J].华北金融,2018(08):38-45.

[14]张新磊,马晓军,乔丹阳.我国结构性货币政策工具对中介目标调控效果的实证检验[J].华北金融,2019(06):4-10+24.

[15]郭懿萱,马晓军.融资约束与代理问题视角下财务柔性对公司绩效的影响——基于我国A股上市公司的实证分析[J].华北金融,2022,(02):1-15.

[16]骆祥坤, 马晓军. 企业履行社会责任如何提高财务绩效——基于营运资金管理与融资约束视角的分析[J]. 华北金融, 2022, (04): 45-57.

[17]刘时睿, 马晓军. 高铁开通是否有助于提升上市公司业绩——以我国省级、省会级城市为例[J]. 华北金融, 2022, (06): 67-76.

[1]金融契约与公司治理（南开大学青年教师基金）

[2]我国发展优先股的可行性研究（台湾中流文教基金）

[3]加拿大风险投资市场体系研究（中加学者交流项目）

[4]不良资产证券化研究（财政部和得意志银行资助）

[5]商业银行风险管理研究（财政部和得意志银行资助）

[6]我国开放式基金风险管理研究（泰达荷银基金管理公司资助）

[7]融资方式创新与融资效率（教育部基本科研业务费专项项目）

[8]公司并购与战略重组案例研究（南开大学专业学位研究生教学案例项目）

2015年6月，第一届全国金融硕士教学案例大赛第三名

2015年11月，获“华章20周年优秀作者”称号

2016年10月，第二届全国金融硕士教学案例大赛第一名

2020年9月，《华北金融》2019年度优秀论文奖